Jozef Kowalski sa narodil v Siedlisku pri Rzeszówe v Poľsku 13. marca 1911. Jeho rodičia Wojciech a Zofia Borowiec boli praktizujúcimi katolíkmi, roľníkmi so skromným vlastným hospodárstvom.
Po absolvovaní základnej školy rodičia zapísali Jozefa na saleziánske kolégium v Osvienčime. Medzi spolužiakmi rýchlo vynikol v usilovnom štúdiu a službe druhým a v úprimnej radosti. Zapísal sa do Družiny Nepoškvrnenej a do Misionárskeho združenia, v ktorom sa neskôr stal vedúcim.
Zamiloval sa do saleziánskej charizmy a do zakladateľa, v ktorom našiel svoj vzor pre všetko: pre úsilie radostne animovať náboženské i civilné sviatky, pre apoštolskú prítomnosť medzi rovesníkmi a najmä pre primát duchovného života, úctu k Panne Márii a k eucharistii.
Už ako študent si písal svoj denník, ktorý nám sprostredkúva jeho úctu k Márii Pomocnici a k eucharistii: „Matka moja – píše – ja musím byť svätým, lebo je to môj údel. Ježiš, tebe obetujem svoje jednoduché srdce (…) Daj, aby som sa nikdy nevzdialil od teba a až do smrti ti zostal verný. Radšej zomrieť, ako ťa uraziť, čo i len najmenším hriechom. Musím byť svätým saleziánom, ako bol môj otec don Bosco.“
Prvé rehoľné sľuby zložil v roku 1928 v Czerwinsku a kňazskú vysviacku prijal 29. mája 1938 v Krakove. Bol menovaný za provinciálneho sekretára. Vo farnosti viedol chlapčenský spevácky zbor a staral sa o najchudobnejších mladých.
V roku 1939 bolo Poľsko obsadené nacistami, ale saleziáni pokračovali vo svojej výchovnej práci. Toto bol hlavný dôvod dramatického zatknutia, ku ktorému došlo 23. mája 1941. Gestapo zatklo dona Kowalskeho spolu s ďalšími jedenástimi saleziánmi, ktorí pôsobili v Krakove. Okamžite bol uväznený v Montelupich odkiaľ ho 26. júna premiestnili do koncentračného tábora Auschwitz v Osvienčime. Pridelili mu číslo 17350. V tábore sa tajne ďalej venoval apoštolátu: spovedal, slúžil sväté omše, modlil sa ruženec, viedol tajné prednášky aj o donovi Boscovi a povzbudzoval uväznených spoločníkov v zápase o prežitie.
Vytrpel si veľa ponižovania. Po tom, čo mu našli ruženec a odmietol ho pošliapať, priblížil sa jeho koniec. Zomrel mučeníckou smrťou 4. júla 1942. Jeho telo najprv hodili do žumpy a potom ho nechali spáliť. Rodáci Jozefa Kowalského začali sláviť spomienku na neho s nádejou, že jeho obeta prinesie ovocie nových duchovných povolaní.
Aj pápež Ján Pavol II. bol tej istej mienky a osobne sa zaujímal o kauzu celej skupiny poľských mučeníkov. Spoločne ich potom vyhlásil za blahoslavených vo Varšave 13. júna 1999.